ในวันศุกร์ที่ ๓๑ มีนาคม พ.ศ.๒๕๓๘ พล.อ.อ. ม.ร.ว.ศิริพงษ์ ทองใหญ่ ผบ.ทอ. ได้ให้โอวาทในพิธีเปิดศูนย์การสงครามทางอากาศ ณ บน.๑ พล.บ.๒ ใจความตอนหนึ่งว่า “ศูนย์การสงครามทางอากาศแห่งนี้จะเป็นหน่วยที่ให้การอบรมบุคลากรของกองทัพอากาศให้มีความรู้ ความสามารถ เข้าใจในเทคโนโลยีและยุทธวิธี ในการทำสงครามทางอากาศอย่างมีประสิทธิภาพตรงตามแนวความคิด หลักนิยม ยุทธศาสตร์และนโยบายของผู้บังคับบัญชาในการใช้กำลังทางอากาศในอนาคตก็สามารถถ่ายทอดวิชาการเหล่านี้ให้กับข้าราชการกองทัพอากาศได้ช่วยกันพัฒนากองทัพอากาศให้ทันสมัยสอดคล้องกับการเปลี่ยนแปลงของสถานการณ์ได้ตลอดเวลา”

      ข้อความดังกล่าวข้างต้นเป็นผลมาจากแนวความคิดของ พล.อ.อ.อมร แนวมาลี เสธ.ทอ.ในขณะนั้นที่ต้องการให้มีหน่วยงานที่ทำหน้าที่พิจารณา ศึกษา พัฒนาหลักนิยม แนวความคิดทางยุทธศาสตร์ ยุทธวิธี และเทคโนโลยีการใช้อาวุธของ เครื่องบินขับไล่ เพื่อฝึกบุคลากรของ ทอ. ให้มีพื้นฐานในเรื่องดังกล่าวอย่างแท้จริง และบน.๑ ฯ เป็นหน่วยงานที่สานต่อแนวความคิดนั้นโดยได้ขออนุมัติโครงการจัดตั้ง“ศูนย์การบินขับไล่และเทคโนโลยีการใช้อาวุธของกองทัพอากาศ (เพื่อพลาง)” เมื่อปี ๒๕๓๗ และได้รับอนุมัติจาก ผบ.ทอ. เมื่อ ๗ มีนาคม พ.ศ.๒๕๓๘ ท้ายหนังสือ ยก.ทอ.ลับ ที่ กห ๐๖๐๕.๓/๑๗๓๙ ลง ๒ มีนาคม พ.ศ.๒๕๓๘ ให้จัดตั้งเป็นศูนย์การสงครามทางอากาศ (เพื่อพลาง)      
    ศูนย์การสงครามทางอากาศ (เพื่อพลาง) ทำหน้าที่ดำเนินการฝึกอบรมบุคลากรของกองทัพอากาศ ให้มีความรู้ความเข้าใจในหลักนิยม แนวความคิดทางยุทธศาสตร์ ยุทธวิธีและเทคโนโลยีการบินและการใช้อาวุธ ตลอดจนรวบรวมบทเรียนจากการใช้กำลังทางอากาศ มี ผู้อำนวยการศูนย์การสงครามทางอากาศ เป็นผู้บังคับบัญชารับผิดชอบ การจัดส่วนราชการ ประกอบด้วย แผนกธุรการ แผนกประวัติการยุทธ แผนกเทคโนโลยีและยุทธวิธี แผนกหลักนิยมและยุทธศาสตร์ และโรงเรียนสงครามทางอากาศ ศูนย์การสงครามทางอากาศ (เพื่อพลาง) เป็นหน่วยขึ้นตรง กองบิน ๑ มีผู้บังคับการกองบิน ๑ เป็นผู้อำนวยการศูนย์การสงครามทางอากาศโดยตำแหน่ง      
     เมื่อ ๒๐ มิถุนายน พ.ศ.๒๕๓๘ กองทัพอากาศ ได้ปรับเปลี่ยนภารกิจศูนย์การสงครามทางอากาศใหม่ให้มีหน้าที่ รวบรวม ศึกษา วิเคราะห์ประวัติศาสตร์การยุทธ หลักนิยม แนวความคิดทางยุทธศาสตร์ ยุทธวิธี และการปฏิบัติทางอากาศ พร้อมทั้งให้การศึกษาอบรมบุคลากรกองทัพอากาศ ในเรื่องการสงครามทางอากาศ ตามคำสั่งกองทัพอากาศ ลับที่ ๑๓๙/๓๘ ลง ๒๐ มิ.ย.๓๘ เรื่อง แก้ไขอัตราศูนย์การสงครามทางอากาศ (เพื่อพลาง)
     เมื่อ ๒ พฤษภาคม พ.ศ.๒๕๓๙ ศูนย์การสงครามทางอากาศ (เพื่อพลาง) ได้เปิดการศึกษาหลักสูตรการสงครามทางอากาศรุ่นแรก ระยะเวลาศึกษา ๑๐ สัปดาห์ ผู้เข้ารับการศึกษาเป็น นายทหารสัญญาบัตร สังกัดกองทัพอากาศ ชั้นยศ นาวาอากาศตรี ถึงนาวาอากาศโท จำนวน ๑๔ คน สำเร็จการศึกษาเมื่อ ๑๘ กรกฎาคม พ.ศ.๒๕๓๙
    เมื่อ ๑ เมษายน พ.ศ.๒๕๕๒ กองทัพอากาศได้ปรับโครงสร้างการจัดส่วนราชการใหม่ โดยกำหนดให้ศูนย์การสงครามทางอากาศ เป็นหน่วยขึ้นตรง กองบัญชาการกองทัพอากาศ มีหน้าที่ พิจารณา เสนอความคิดเห็น วางแผน อำนวยการ ประสานงาน ควบคุม กำกับการพัฒนา และดำเนินการเกี่ยวกับการพัฒนายุทธศาสตร์ หลักนิยม ของกองทัพอากาศมีผู้อำนวยการศูนย์การสงครามทางอากาศ เป็นผู้บังคับบัญชารับผิดชอบ โครงสร้างการจัดส่วนราชการ ประกอบด้วย กองยุทธศาสตร์ กองหลักนิยม กองเทคโนโลยี ตามคำสั่งทอ.(เฉพาะ) ลับที่ ๔๐/๕๒ ลง ๑ เมษายน พ.ศ.๒๕๕๒ เรื่อง แก้ไขอัตรากองทัพอากาศ
   เมื่อ ๒๑ เมษายน พ.ศ.๒๕๕๒ กองทัพอากาศได้กำหนดให้ศูนย์การสงครามทางอากาศ ใช้ชื่อย่อว่า “ศกอ.”ตามคำสั่ง ทอ.(เฉพาะ) ที่ ๓๓/๕๒ ลง ๒๑ เมษายน พ.ศ.๒๕๕๒ เรื่อง กำหนดให้ใช้คำย่อใน ทอ.
   เมื่อ ๕ มีนาคม พ.ศ.๒๕๕๓ ผู้บัญชาการทหารอากาศ ได้อนุมัติให้ทุกวันที่ ๗ มีนาคม ของทุกปีเป็นวันสถาปนา ศูนย์การสงครามทางอากาศ ตามคำสั่ง ทอ.(เฉพาะ) ที่ ๑๙/๕๓ ลง ๕ มี.ค.๕๓ เรื่อง กำหนดวันสถาปนา ศกอ.(ตามหนังสือ สบ.ทอ.ที่ กห ๐๖๐๓.๓/๕๓๓ ลง ๒๖ กุมภาพันธ์ พ.ศ.๒๕๕๓)
    เมื่อ ๑ ตุลาคม ๒๕๖๓ ได้ปรับโครงสร้าง ศกอ.รองรับการจัดตั้งโรงเรียนการยุทธทางอากาศ โดยแปรสภาพกองเทคโนโลยี ศกอ.เป็นโรงเรียนยุทธทางอากาศ ศกอ. ตามอนุมัติ ผบ.ทอ.เมื่อ ๖ ส.ค.๖๓ ท้ายหนังสือ ยก.ทอ.ด่วน ลับ ที่ กห ๐๖๐๖.๓/๕๙๙ ลง ๓๑ ก.ค.๖๓ และ คำสั่งกองทัพอากาศ ลับ (เฉพาะ) ที่ ๑๑๑/๖๓ ลง ๖ ส.ค.๖๓ เรื่อง แก้ไขอัตรากองทัพอากาศ พ.ศ.๒๕๕๒ (ครั้งที่ ๑๐๗) การจัดส่วนราชการ ประกอบด้วย กองยุทธศาสตร์ กองหลักนิยม และ โรงเรียนการยุทธทางอากาศ